Šibenska biskupija je upravna jedinica (dijeceza) Katoličke crkve u Hrvatskoj. Uspostavljena je 1. svibnja 1298. bulom pape Bonifacija VIII., a za prvoga biskupa izabran je fra Martin Rabljanin.
Bulom pape Lava XII. „Locum beati Petri” godine 1828. ukinute su, između ostalih, Skradinska i Trogirska biskupija. Čitav prostor Skradinske biskupije priključen je Šibenskoj biskupiji, a od Trogirske joj je biskupije priključen zagorski dio, te župa Marina na obali.
Sadašnja katedrala sv. Jakova u Šibeniku građena je od 1431. do 1536. godine, posvećena je 1555., a na čast bazilike podigao ju je 1895. papa Lav XIII. Najveći je arhitektonski spomenik renesanse u Hrvatskoj.
Zaštitnik biskupije je sveti Mihovil.