Postao je profesor i rektor sjemeništa Plock, a potom kanonik Plocka i generalni vikar istoimene biskupije. Biskupom ove mjesne Crkve imenovan je 12. lipnja 1908., a biskupsko ređenje upriličeno je 10. siječnja 1909.
Kao biskup provodio je reforme, posvetivši posebnu pozornost katoličkom odgoju (između ostalog, otvorio je malo sjemenište). Tijekom Prvog svjetskog rata bio je aktivan u karitativnim organizacijama. Inicirao je stvaranje mjesnog ogranka Katoličke akcije. U studenom 1930. postao je titularni nadbiskup Silyuma.
Godinu dana nakon invazije na Poljsku Nijemci su uhitili biskupa Nowowiejskog i pomoćnog biskupa Leona Wetmańskog te ih zatvorili u Słuck i Działdowo. Nowowiejski je odbio priliku da pobjegne, rekavši kako neće napustiti svoje stado. Umro je, nakon brojnih premlaćivanja, 28. svibnja 1941. u nacističkom logoru smrti u Działdowou.
Antoni Julian Nowowiejski bio je autor mnogih djela iu oblasti povijesti i liturgije. Sveučilište u Varšavi dodijelio mu je počasni naslov doctor honoris causa.
Papa Sv. Ivan Pavao II. proglasio ga je 13. lipnja 1999. blaženim kao jednog od 108 mučenika Drugog svjetskog rata.
J.P., KT